复旦大学生物医学工程技术研究所隶属于工程与应用技术研究院，于2017年创立，是复旦大学开展医工交叉科学研究和产学研转化的重要平台，也是复旦大学双一流学科“生物医学工程与精准医疗技术”主要建设单位之一。

复旦大学生物医学工程研究始于1972年，是国内起步最早的单位之一。复旦大学2001年起恢复招收生物医学工程本科生；1996年获准设立生物医学工程硕士点，2000年获准设立生物医学工程一级学科博士授予点；2003年获准建立生物医学工程博士后流动站，建立起了从本科到硕士点、博士点、博士后流动站的完整人才培养体系。是上海市重点学科、上海市高校一流学科(B类)。学科建设秉承兼容并蓄，融汇贯通的发展理念，精益求精的发展精神，依托信息、计算机、力学、化学、材料、物理等多学科支撑以及18所高水平附属医院的临床需求，服务国家大健康战略规划，打造国际一流学科“生物医学工程与精准医疗技术”。

    复旦大学生物医学工程技术研究所围绕我国保障人民健康的重大战略需求和国家战略新兴产业发展、经济结构转型升级的重大需求，是复旦大学双一流学科“生物医学工程与精准医疗技术”建设的重要抓手，也是复旦大学及附属医院之间开展医工交叉共性技术研究和产业转化重要的开放性平台。重点围绕智能医学影像，智慧医疗电子与信息，高值耗材新型植介入装置，智能康复工程和计算机辅助手术，医药光学成像与体外诊断设备等领域积极布局，致力于成为在生物医学工程领域有一定国际影响力的医疗器械研发基地和生物医学高级人才培养基地，为我国医疗器械和装备产业的发展提供支撑。现有主要科研人员40人左右（包括校内双聘），其中包括杰青等领军人才11人。围绕医工结合科研项目的组织，广泛吸纳临床医生和多学科研究人员的加入。