生物医学工程技术研究所依托复旦大学及附属医院在神经与心脑血管领域基础研究和临床诊疗方面的领先地位，充分利用复旦大学附属医院的临床资源，围绕神经及心脑血管疾病的预防、诊断、治疗、康养开展医工交叉的前沿基础研究与应用基础研究。现阶段主要工作包括（1）脑重大疾病智能医学影像系统研发；（2）神经与心脑血管先进成像及诊疗技术研发；（3）基于力学建模与数值仿真的心脑血管疾病的手术规划与风险评估；（4）神经导航及神经手术机器人的研发；（5）心脑血管植介入装置研发；（6）神经及心脑血管疾病监护设备研发；（7）神经康复技术及康复辅具研发。